Toda pessoa física ou entidade pode enviar ao Ministério Público Federal uma denúncia noticiando ilícitos, irregularidades, lesões ou ameaças a direitos. A denúncia apresentada, contudo, somente terá seguimento, ou seja, será objeto de investigação e atuação do Ministério Público Federal, se estiver incluída dentre as matérias de sua atribuição.

Na área criminal, os crimes que envolvam interesses da União, de autarquias federais ou empresas públicas federais ou fundações públicas federais, incluindo aqueles praticados pelos respectivos agentes públicos ou contra eles. Também os crimes políticos, os crimes previstos em tratados ou convenções internacionais com reflexos ou origem no estrangeiro, os crimes contra a organização do trabalho, contra o sistema financeiro e, em alguns casos, contra a ordem econômico-financeira e, ainda, os crimes cometidos a bordo de aeronaves e navios.

• a defesa da flora e da fauna em unidades de conservação federais e contra a poluição em rios que dividem Estados ou o Brasil de outros países, bem como o patrimônio nacional histórico e cultural
• a defesa da probidade na aplicação dos recursos públicos e da moralidade nos entes públicos federais e na conduta dos respectivos agentes
• a defesa dos consumidores dos serviços fiscalizados e regulados por agências reguladoras, tais como telefonia, transporte aéreo, energia elétrica, saúde suplementar etc, naquilo que for relacionado à atuação dessas agências
• defesa da cidadania, proteção do idoso, da criança e dos portadores de deficiência, dos estrangeiros, das minorias, bem como todo e qualquer impedimento ao exercício da cidadania em questões que envolvam a responsabilidade de órgãos ou entes federais
• questões relacionadas ao funcionamento do SUS, no que refere às responsabilidades e recursos da União, e do Sistema Federal de Ensino
• observância pelo serviço público federal ao que dispõe a lei e à Constituição Federal

Só excepcionalmente o Ministério Público Federal atua em defesa de interesses exclusivamente individuais, que são defendidos, via de regra, por advogados, pela defensoria pública estadual ou federal, ou, em alguns casos, pelo próprio interessado nos Juizados Especiais Estaduais ou Federais.